Od pierwszego „Madagaskaru” w 2005 r. do „Madagaskaru 3” w 2012 r. minęło trochę czasu. W polskich kinach wszystkie części obejrzało w sumie 5 500 000 widzów, co czyni je jedną z najbardziej dochodowych serii, jeśli chodzi o animacje. Ze wszystkich bohaterów wielu z nas najbardziej zapamiętało pingwiny. Pingwini kwartet składający się ze Skippera, Kowalskiego, Rico i Szeregowego doczekał się krótkiego filmu animowanego, gier wideo, a nawet trzysezonowego serialu animowanego. Było więc tylko kwestią czasu, kiedy pojawi się osobny pełnometrażowy film kinowy o pingwinach z Madagaskaru.
Na zamarzniętym krańcu świata, Antarktydzie, żyją małe, śmieszne stworzonka – pingwiny. A wśród nich jest trójka małych pingwiniątek: Skipper, Rico i Kowalski, którzy nie chcą zachowywać się tak, jak ich pobratymcy, lecz chcą robić coś, co nada cel ich dotychczasowemu nudnemu życiu. Pewnego dnia na swojej drodze zauważają toczące się jajo. Młode, które się z niego wykluło, zostaje nazwane Szeregowym i przygarnięte do paczki. Skipper to samozwańczy przywódca, Kowalski jest mózgiem operacji, chodzący pesymista, Rico praktycznie nic nie mówi, chrząka jedynie i połyka wszystko, co może się przydać podczas misji, zaś najmłodszy Szeregowy jest bardzo niewinny, więc cała załoga traktuje go jak małego braciszka. Pingwini kwartet gotowy, teraz muszą wyruszyć na ich pierwszą tajną misję. W której zmierzą sie z komicznie złym Dave’em, któremu w oryginalnej wersji swojego głosu użyczył genialny John Malkovich.
